日本の拠点が「日本支店」の場合と「日本法人」の場合では課税される方式が違うと聞きましたがその概要を教えてください。

原則として、法人税法上では「日本支店」の場合は外国法人に区別され、「日本法人」の場合には内国法人とされます。

法律的に海外本店と分離し法人格を持たない「日本支店」等の外国法人の場合には、日本国内で発生した所得である国内源泉所得に対してのみ法人税が課税されます。この課税範囲は一般的にPE（Permanent Establishment）と よばれる恒久的施設があるかどうかで判断され、「日本支店」は外国法人のPEとして取り扱われます。

一方、日本の法律に基づいて設立された株式会社や合同会社（LLC）に代表される「日本法人」と呼ばれる内国法人の場合は、日本国内で発生した所得である国内源泉所得にプラスして、 日本国外で獲得した所得に対しても課税が行われるため、一般的には“全世界所得課税”といわれます。

このように外国法人である日本支店を設立するか、内国法人である株式会社や合同会社を子会社として設立するかにより課税方法が異なりますので、 拠点の設置前に国際税務に詳しい専門家とご相談されることをお勧めします。